De programmaraad van het Rathenau Instituut komt een aantal keer per jaar bijeen en spreekt dan over nieuwe ontwikkelingen en het werkprogramma van het instituut. De programmaraad bestaat uit mensen die hun sporen in politiek, wetenschap en bedrijfsleven hebben verdiend.
De eerste taak van de raad is adviseren bij de vormgeving van het nieuwe werkprogramma van het instituut, dat de jaren 2011-2012 beslaat. Het bestuur van het Rathenau Instituut stelt - na het advies van de programmaraad - het werkprogramma uiteindelijk vast.
Op dit moment bestaat de programmaraad uit de volgende personen:
Dr. Ellen de Brabander is Chief Scientific Officer bij het farmaceutische bedrijf Merial. Ze leidt negen research en development-afdelingen, verspreid over de hele wereld.
Prof. mr. Marc Chavannes is politiek columnist van NRC Handelsblad. Sinds 1 januari 2006 is hij hoogleraar journalistiek aan de Rijksuniversiteit Groningen.
Drs. Wim Deetman is sinds 1 januari 2008 lid van de Raad van State. Op dit moment leidt hij de commissie die een onafhankelijk onderzoek uitvoert naar seksueel misbruik binnen rooms-katholieke instellingen. Was onder andere Minister van Onderwijs en Wetenschappen in de kabinetten-Lubbers, voorzitter van de Tweede Kamer en burgemeester van Den Haag.
Prof. dr. Wim van de Donk volgde op 1 oktober 2009 Hanja Maij-Weggen op als Commissaris van de Koningin van Noord-Brabant. Hij was van 2004 tot 2009 voorzitter van de Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid.
Ir. Marijke Vos is een vooraanstaande politica van GroenLinks. Ze is lid van de Taskforce Biodiversiteit en Natuurlijke Hulpbronnen. Marijke Vos was onder andere partijvoorzitter van Groen Links, voorzitter van de parlementaire enquêtecommissie bouwnijverheid (bouwfraude) en wethouder in Amsterdam.
Drs. Wim van Velzen (voorzitter) Senior Advisor Covington and Burling, Brussel, voorzitter Commissie van Wijzen Kennis en Innovatie, lid van de Raad van Toezicht Universiteit Twente, commissaris van Eindhoven Airport, Voorzitter van de Commissie Grootschalige Onderzoeksfaciliteiten. Hij is een voormalige topambtenaar van Onderwijs, die voor het CDA partijvoorzitter, senator en lid van het Europees Parlement was.
Mr. drs. Jan Staman (secretaris) is sinds 2002 in dienst bij het Rathenau Instituut. Hij houdt zich als directeur bezig met de algemene leiding van het instituut. Jan Staman was wetenschappelijk medewerker bij de faculteit Diergeneeskunde te Utrecht. Nadien bekleedde hij diverse functies bij het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit.