De programmaraad van het Rathenau Instituut komt een aantal keer per jaar bijeen en spreekt dan over nieuwe ontwikkelingen en het onderzoeksprogramma van het instituut. De raad is ingesteld door het bestuur van het Rathenau Instituut.
De programmaraad bestaat uit de volgende personen:
Dr. Ellen de Brabander is Chief Scientific Officer bij het farmaceutische bedrijf Merial. Ze leidt negen research en development-afdelingen, verspreid over de hele wereld.
Prof. mr. Marc Chavannes is politiek columnist van NRC Handelsblad. Sinds 1 januari 2006 is hij hoogleraar journalistiek aan de Rijksuniversiteit Groningen.
Drs. Wim Deetman is sinds 1 januari 2008 lid van de Raad van State. Op dit moment leidt hij de commissie die een onafhankelijk onderzoek uitvoert naar seksueel misbruik binnen rooms-katholieke instellingen. Was onder andere Minister van Onderwijs en Wetenschappen in de kabinetten-Lubbers, voorzitter van de Tweede Kamer en burgemeester van Den Haag.
Drs. Sander Dekker is wethouder van Financiën en Stadsbeheer Gemeente Den Haag en stadsdeelwethouder van Segbroek.
Prof. dr. Wim van de Donk volgde op 1 oktober 2009 Hanja Maij-Weggen op als Commissaris van de Koningin van Noord-Brabant. Hij was van 2004 tot 2009 voorzitter van de Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid.
Ir. Marijke Vos is een vooraanstaande politica van GroenLinks. Ze is lid van de Taskforce Biodiversiteit en Natuurlijke Hulpbronnen. Marijke Vos was onder andere partijvoorzitter van Groen Links, voorzitter van de parlementaire enquêtecommissie bouwnijverheid (bouwfraude) en wethouder in Amsterdam.
Mr. drs. Jan Staman (secretaris) is sinds 2002 in dienst bij het Rathenau Instituut. Hij houdt zich als directeur bezig met de algemene leiding van het instituut. Jan Staman was wetenschappelijk medewerker bij de faculteit Diergeneeskunde te Utrecht. Nadien bekleedde hij diverse functies bij het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit.