Elke twee jaar legt het Rathenau Instituut zijn plannen vast in werkprogramma. Het huidige werkprogramma betreft 2009 en 2010. Het Rathenau Instituut stelt de inhoud samen in overleg met in ieder geval de KNAW, de WRR en de minister van OCW. Na vaststelling door het bestuur van het Rathenau Instituut komt er een mededeling over het programma in de Staatscourant. Ook voorziet de minister van OCW het programma van een standpunt, dat samen met het werkprogramma aan de aan de Eerste en Tweede Kamer wordt gezonden.
Het programma voor Technology Assessment is gebaseerd op verwachtingen en waarnemingen over welke technologische ontwikkelingen op middellange en langere termijn maatschappelijke veranderingen teweeg gaan brengen. Daarnaast telt mee welke vragen en behoeftes er in de samenleving zijn op het gebied van opkomende technologieën.
De afdeling Science System Assessment stelt haar programma op aan de hand van vragen als: welke lacunes zijn er in het inzicht over het Nederlandse wetenschapssysteem? Welke ontwikkelingen zijn belangrijk voor de ontwikkeling van dat systeem? Hoe verhoudt zich de onderzoekspraktijk tot de beleidslijnen die daarvoor zijn uitgezet? Hoe verhoudt zich de output van het onderzoek tot de financiering daarvan? Wat is de waarde van de wetenschap voor de maatschappij en hoe kan die beter worden beoordeeld – bijvoorbeeld door het ontwikkelen van nieuwe evaluatiecriteria en –methodes?