De missie van het onderzoeksprogramma Science System Assessment is het vergroten, integreren en toegankelijk maken van de kennis over het wetenschapsbestel.
Science System Assessment is onderzoek naar de organisatie, het functioneren en de resultaten van het wetenschappelijk en technologisch onderzoek in Nederland. De huidige kennis over het wetenschaps- en technologiebestel is gefragmenteerd en levert daardoor geen totaalbeeld op. Science System Assessment vult de lacunes op door wetenschappelijk onderzoek naar de werking van het wetenschapssysteem en naar de achterliggende dynamiek. De minister van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap introduceerde Science System Assessment in het Wetenschapsbudget 2004 als nieuwe taak voor het Rathenau Instituut. Om de Science System Assessment-taak in te vullen is in 2004 en 2005 gesproken met een substantieel aantal betrokkenen. Dit leidde tot een inventarisatie van een groot aantal actuele onderwerpen en onderzoeksvragen die volgens de gesprekspartners nadere studie vereisen. Deze onderwerpen en de kennisvragen die eraan ten grondslag liggen, zijn in dit werkprogramma uitgewerkt, in dialoog met een door de minister van OCW ingestelde stuurgroep.